Série Mass Effect se od samého počátku vyznačuje zásadními rozhodnutími, jež lze v průběhu hry učinit a globálně tak ovlivnit celý vývoj postavy a defakto i vesmíru. Co se však v minulých dvou dílech zdálo jako kosmetické změny se konečně v závěru projeví naplno. Podle Caseyho Hudsona se hráč může dostat do naprosto nečekaných a nevěřitelných situací. Ty vás mohou v některých chvílích nečekaně zachránit, či přiblížit ke strašlivému konci.
